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框架的根目录，永远不是你安装的目录。安装目录一般都是项目目录。也就是你上面的basic目录。
框架目录是核心目录，不会让你修改，你如果修改就是修改了框架源码。
项目目录和框架目录的关系，任何一个php框架都不是单独玩的，需要基于框架做项目，对yii2来说也是。
所以，basic是项目目录，据此你可以开发任何项目：比如网站，crm, 商城等。
无论如何开发的项目，开发习惯和开发逻辑都是yii2框架。
yii2框架的目录呢，就是vendor/yiisoft。这是yii2框架的目录。
这几个概念你区分下。