摸索了一晚上，最终还是在官方手册中得到了方法，分享一下，方便后来的学习者。

其实很简单，只需要在assetManager里面添加下面几行即可！

'yii\web\JqueryAsset' => [
    'sourcePath' => null,
    'js' => []
],

或者再变态一点，在JqueryAsset.php里面直接将Jquery.js给屏蔽掉。。当然不建议你修改源码！

这样修改之后，你会发现，项目每次加载的只有自己包含的jquery，不在末尾子自动包含YII自带的asset里面的jquery了。