这么多人学习yii2，但是都不认为这是坑，这说明这不是坑，而是一种理解。
yii2是一个框架，这是真正的yii2，而yii2 advanced是在yii2框架上面做的一个通用的使用方式，虽然这个也是官方出品，但是，你完全可以不用他的frontend backend common，自己来组织文件结构。
现在回答你的问题， app代表命名空间的开始部分，在yii2 advanced 模板中的common\config\bootstrap.php文件中，你应该可以看到：

<?php
Yii::setAlias('common', dirname(__DIR__));
Yii::setAlias('frontend', dirname(dirname(__DIR__)) . '/frontend');
Yii::setAlias('backend', dirname(dirname(__DIR__)) . '/backend');
Yii::setAlias('console', dirname(dirname(__DIR__)) . '/console');
Yii::setAlias('myapp', dirname(dirname(__DIR__)) . '/myapp');

譬如下面的myapp 是我自己定义的一个别名，那么你上面的代码，我需要改成：

namespace myapp\models;
use myapp\models\Country;

所以这不是一个坑，app是一个代表，你放到哪个包下面，这个app就代表哪个包。
yii2还是很不错的，对新手是有点上手难一点，不光新手，就是毕业3年的程序员，也得用上半年左右，才能摸清，不是因为这个东西有多难，而是因为yii2封装的东西比较多，看完文档，在使用，都有一个过程。不过也有很多人在用yii2，但是只是用其中的一部分功能。呵呵、

\vendor\yiisoft\yii2\widgets\Menu.php 是这个吗？

谢谢 大神总结！