配置 contentNegotiator 下的 formats 为 Response::FORMAT_JSON 即可
例:

public function behaviors()
{
    $behaviors = parent::behaviors();
    $behaviors['contentNegotiator']['formats']['application/json'] = Response::FORMAT_JSON;
    return $behaviors;
}

class UserController extends ActiveController
{
    public $modelClass = 'backend\models\Company';
    public function behaviors()
    {
        $behaviors = parent::behaviors();
        $behaviors['contentNegotiator']['formats']['application/json'] = Response::FORMAT_JSON;
        return $behaviors;
    }
}

配置 contentNegotiator 下的 formats 为 Response::FORMAT_JSON 即可
例:

public function behaviors()
{
    $behaviors = parent::behaviors();
    $behaviors['contentNegotiator']['formats']['application/json'] = Response::FORMAT_JSON;
    return $behaviors;
}

fileinput是个例外，无论insert操作还是update，正常情况在表单中选择文件的地方是清空的，可能是w3c的定义。你也可以在接收POST数据之前保存文件路径的字段的值，接收post数据之后如果发现浏览器没有新文件upload，那么save之前还原你之前保存的值即可。

你的方法也可以，有个负面影响就是用户体验会下降一些，和正常的文件上传表单感觉不一样。