你可以类似这样达到你的目的：
比如，你有应用app1,app2...appN，那么你应该如下组织你的代码：

    prj-root/
       |- app1/
       |- app2/
       |- ...
       |- appN/
       |- vendor
       |- web/
           |- app1.php
           |- app2.php
           |- appN.php

这里，你需要将proj_root/web配置为你的服务器的web根目录。
appX里面的目录结构可以参考yii提供的应用程序模板。你只需要仿照官方模板的web/index.php的样子将你的appX.php里面的配置文件引用路径，vendor引用路径设置为正确的地址。

需要注意的是，这里，因为所有的启动文件都在一个web根目录，所以你就不能简单的用url重写路径了。只能用appX.php?r=xxx这种形式，或者appX.php/module/controller/aciton?xxx这种（带上.php）